Kegiatan Pesanten kilat di SD Negeri Jatisari sudah menjadi agenda rutin setiap tahun. Kegiatan pesantren kilat dilaksanakan setiap bulan Ramadhan tiba. Kegiatan Pesantren kilat di SDN Jatisari dilaksanakan selama 3 hari yaitu Tanggal 23, 24 dan 25 Mei 2018.  Endang Dwi Handayani, S.Pd. I menuturkan bahwa salah satu tujuan diadakannya pesantren kilat ini diantaranya adalah menerapkan dan mengamalkan ajaran Islam dalam kehidupan sehari-hari dalam rangka membentuk mental spiritual yang tangguh, kokoh, dan mampu menghadapi tantangan-tantagan negatif baik yang datang dari dirinya sendiri maupun dari luar. Kegiatan pesantren kilat diikuti oleh seluruh siswa siswi SD Negeri Jatisari. Materi untuk kegiatan pesantren kilat ini adalah seputar materi keagaamaan, mencakup ibadah, fiqih, sejarah dan juga akhlak. 

Anak-anak menikmati kegiatan pesantren kilat ini, karena pada kegiatan ini nuansa berbeda didapatkan yang biasanya pelajaran Agama hanya disampaiakan oleh Guru Agama tetapi dalam kegiatan pesantren kilat materi agama disampaiakan oleh Bapak/Ibu guru dengan jadwal yang sudah ditentukan. 

Puncak kegiatan pesantren kilat adalah kegiatan buka bersama. Acara buka bersama diikuti oleh siswa-siswi kelas III-V SD Negeri Jatisari, pengurus komite SDN Jatisari dan seluruh dewan guru dan karyawan SDN Jatisari. Acara diawali dengan menanyakan kepada anak tentang hafalan² surat pendek oleh Subardi, S.Pd. selaku Kepala Sekolah. Beberapa siswa melafalkan hafalan mereka masing² dan ada siswa siswi SD Jatisari yang hafal Surah An Naba' diantaranya adalah Diva Gempitasari, Anggika Ranofiantara, Danovan Yoga, Ramadhani Catur Atmaja, Umi Salamah. Mereka semua adalah siswa kelas 5, dan untuk siswa kelas 4 juga ada anak tersebut adalah Siti Nur Azizah, Aldila Fauziah Nutmalita. Kegiatan dilanjutkan dengan pengajian oleh Bapak Suyatno, MN. Selaku ketua komite SD Jatisari sampai waktu berbuka tiba. Selanjutnya kegiatan buka bersama dilanjutkan shalat magrib berjamaah di halaman SDN Jatisari.